公诉案件刑事和解制度在适用中存在性质异化、功能异化及程序异化等问题。为此,应准确理解刑事和解的刑事属性,全面认识刑事和解的制度功能与过程功能,在刑事实体法中将当事人达成和解规定为酌定或法定量刑情节,在刑事程序法中明确规定刑事和解协议的一般效力与扩张效力,增加刑事和解适用措施,设置协议赔偿比例限额,细化刑事和解适用条件。还应优化刑事和解办案机制,发挥刑事和解过程功能,完善多元主体参与机制,确立相对独立的刑事和解案件评估机制与协议达成后反悔处置机制,建立司法案件监督协作机制与当事人投诉及损害补偿机制。